آیت‌الله خامنه‌ای، با ارسال نامه‌های جداگانه‌ به اکبر‌ هاشمی رفسنجانی و محمود احمدی‌نژاد خواستار توقف هم‌زمان «وقف اموال» و «اجرای اساس‌نامه تازه دانشگاه آزاد اسلامی» شد.

خبرگزاری مهر روز دوشنبه به نقل از هیات موسس دانشگاه آزاد اسلامی گزارش داد که «پس از اتفاقات اخیر آیت‌الله خامنه‌ای در دو حکم جداگانه خطاب به آیت‌الله هاشمی رفسنجانی به عنوان رئیس هیأت امنای دانشگاه آزاد و دکتر محمود احمدی‌نژاد به عنوان رئیس جمهوری و رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی درباره دانشگاه آزاد مواردی را مطرح کردند.»

به گفته هیأت موسس دانشگاه آزاد اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای اختلافات بر سر دانشگاه آزاد را «گفت‌وگوهای ملال‌انگیز» خوانده است.

به گزارش زمانه، اختلافات بین دولت و دانشگاه آزاد از سال ۱۳۸۵ آغاز شد. محمود احمدی‌نژاد، ۱۶ ماه پس از پیروزی‌اش در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۴، انتقادات خود را علیه دانشگاه آزاد اعلام کرد.

هشتم آبان سال ۱۳۸۵، احمدی‌نژاد در جریان بیستمین سفر استانی‌اش به شهرستان پاکدشت از یک «تصمیم انقلابی» درباره دانشگاه آزاد سخن گفت و اعلام کرد: «با تلاش‌هایی که سال گذشته انجام دادیم، شهریه‌ها کاهش یافت. اگر امسال شهریه دانشگاه آزاد را کاهش ندهند یک تصمیم انقلابی می‌گیریم که همه مردم خوشحال شوند.»

بر همین اساس شورای عالی انقلاب فرهنگی پنجم اردیبهشت ۸۹ پس از ۴٠ ماه، اساس‌نامه تازه این دانشگاه را تصویب و برای اجرا ابلاغ کرد.

دادگاهی در تهران ٢۹ خرداد ۸۹ در پی شکایت هیأت موسس دانشگاه آزاد دستور داد که اجرای این اساس‌نامه متوقف شود، اما آیت‌الله لاریجانی، رئیس قوه قضاییه این رای را نقض و دستور بررسی مجدد پرونده را صادر کرد.

قرار بر این بود که روز یکشنبه ۱۳ تیر ماه جاری رئیس تازه دانشگاه آزاد انتخاب شود که با دستور آیت‌الله خامنه‌ای جلسه هیأت امنا برگزار نشد.